بافر TAE،  با دارا بودن اسید و باز مزدوج شرایط بافری را جهت مهاجرت مولکول های DNA در الکتروفورز ژل آگارز مهیا میکند

• این بافر فعالیت آنزیم های DNase را مهار کرده و هیدرولیز را نیز مهار می‌کند
• محیط مایع تغییرات دما را در طول الکتروفورز ژل کنترل می کند. ولتاژ بالا دمای ژل آگارز را افزایش می دهد که می تواند منجر به دناتوره شدن DNA شود. این افزایش جزئی دما، توسط محیط مایع بافر کنترل می شود

مقایسه بافر TBE وTAE :

• ظرفیت بافری TAE از TBE کمتر بوده بنابراین با استفاده مکرر عملکردش ضعیف می شود.
• رسانایی بافر TAE بهتر از TBE است بنابراین dsDNA می تواند سریعتر در آن حرکت کند.
• DNA را می توان به راحتی در بافر TAE ریکاوری کرد بنابراین نرخ ریکاوری در بافر TAE بالاتر از TBE است.
• بافر TAE مقرون به صرفه و ارزان تر از سایر سیستم های بافری است، علاوه بر این، در غلظت های پایین تر به عنوان working solution مورد استفاده قرار می گیرد.
• در کلونینگ ژن، از آنجایی که بوریک اسید موجود در بافرTBE مهارکننده آنزیم های محدود الاثر و لیگاز می باشد، بافر TAE بهترین بافر برای Electrophoresis و ریکاوری جهت فرایند های بیولوژیک بعدی می باشد.