مزیت استفاده از Poly A Polymerase نسبت به روش Stem-Loop RT Primer در بررسی بیان microRNA
مقایسه روش‌های بررسی بیان microRNA: چرا Poly(A) Polymerase انتخاب بهتری است؟
مقایسه روش‌های بررسی بیان microRNA یکی از موضوعات مهم در پژوهش‌های زیست‌شناسی مولکولی است. این مولکول‌های ریز اما قدرتمند، نقش کلیدی در تنظیم ژن‌ها ایفا می‌کنند و ارتباط معناداری با انواع بیماری‌ها دارند. بنابراین، انتخاب روش مناسب برای تحلیل آن‌ها بسیار حیاتی است.
در این مقاله می‌خواهیم درباره دو روش رایج یعنی پرایمر Stem-loop و استفاده از آنزیم Poly(A) Polymerase صحبت کنیم و ببینیم چرا روش دوم انتخاب بهتری میتونه باشه
. روش Poly(A) Polymerase چیست؟ این تکنیک با افزودن یک دنباله پلی‌آدنین (Poly(A) tail) به انتهای microRNA آغاز میشود. به دنبال آن، از یک پرایمر عمومی که دارای یک توالی poly T میباشد برای سنتز cDNA استفاده میشود. با این فرایند طول توالی microRNA بلند تر شده و با اتصال پرایمر بلند دارای پلیT، طول سایز قطعه هدف برای REAL TIME PCR مناسب میشود و شما به راحتی می‌توانید بیان این مولکول‌ها را بررسی کنید. اما چرا در اکثر مواقع میتوان روش Poly(A) را به Stem-loop ترجیح داد؟
انعطاف‌پذیری و کاهش هزینه‌ها یکی از نقاط قوت Poly(A) Polymerase این است که نیازی به طراحی اختصاصی پرایمر برای هر microRNA ندارد. برخلاف روش Stem-loop که شما مجبور هستید برای هر microRNA یک پرایمر خاص خریداری کنید که این پرایمر طولی نزدیک به 50 نوکلئوتید داشته و هزینه زیادی را تحمیل خواهد کرد،اما در روش Poly A از یک پرایمر عمومی دارای oligo-dT استفاده میشود. این ویژگی نه تنها ساده‌تر است، بلکه هزینه‌ها را به شکل قابل‌توجهی کاهش می‌دهد.
افزایش دقت و حساسیت : اگر microRNAهایی را بررسی می‌کنید که میزان بیان آن‌ها بسیار پایین است، روش Poly(A) با حساسیت بالای خود گزینه‌ای ایده‌آل می باشد. این قابلیت به محققان کمک می‌کند تا در شناسایی دقیق‌تر و معتبرتر پیشگام باشند.
بررسی همزمان چندین microRNA یکی دیگر از مزیت‌های جالب این روش، امکان تحلیل همزمان چندین microRNA با یک مرحله سنتز cDNA فراهم می آید. این ویژگی به‌خصوص برای مطالعات گسترده‌ای که نیاز به بررسی حجم بالایی از داده‌ها دارند، بسیار کاربردی است و روند تحقیق را تسریع می‌کند.
کاهش خطا و افزایش کارایی: حذف نیاز به طراحی اختصاصی پرایمر باعث کاهش احتمال خطاهای ناشی از طراحی اشتباه یا اتصال نامناسب پرایمر‌ها شده و کیفیت نتایج نهایی را ارتقا می‌دهد.
آیا هیچ شرایط خاصی وجود دارد که روش Stem-loop مناسب‌تر باشد؟ در موارد خاص، زمانی که نیاز دارید یک microRNA خاص را در حضور مولکول‌های مشابه با حساسیت فوق‌العاده بالا بررسی کنید، روش Stem-loop ممکن است مزیت داشته باشد. اما باید توجه داشت که این کاربرد بیشتر به پژوهش‌های اختصاصی‌تر محدود میشود و برای موارد عمومی‌تر، Poly(A) دست بالا را دارد.
جمع‌بندی: تکنیک Poly(A) Polymerase با سادگی، مقرون‌به‌صرفه بودن و انعطاف بی‌نظیری، ابزار قدرتمندی برای تحلیل بیان microRNA است. این روش در پروژه هایی که تعداد microRNA زیادی مورد هدف میباشند بسیار مقرون به صرفه بوده و زمان انجام پروژه را کاهش می دهد.
